Państwa członkowskie mają czas do końca września bieżącego roku, aby zebrać dane dotyczące emisji CO₂ i zużycia energii we wszystkich instalacjach przemysłowych na swoim terytorium. Na ich podstawie do końca 2012 r. Komisja Europejska wyliczy wstępne roczne limity bezpłatnych uprawnień do 2020 r.

W kalkulacjach stosowane będą tzw. benchmarki, które mają się opierać na średnich emisjach 10% najbardziej efektywnych instalacji w poszczególnych sektorach. Wysokość benchmarków wyraża się w tonach CO₂ na tonę produktu. Aby obliczyć ilość bezpłatnych uprawnień, jakie przysługują instalacji przemysłowej, należy pomnożyć odpowiedni benchmark przez wielkość produkcji. Benchmarki dotyczą 52 głównych grup produktów objętych Europejskim Systemem Handlu Emisjami. W przypadku produkcji innych towarów przydział darmowych uprawnień będzie określany na podstawie zużytej energii.

Po roku 2013 uprawnienia do emisji będą rozdzielane głównie poprzez aukcje, jednak do 2020 r. część z nich będzie wciąż przyznawana przemysłowi za darmo. Instalacje w sektorach uznanych za narażone na znaczną konkurencję za strony przemysłu w krajach spoza UE, nie podlegającym ograniczeniom związanym z redukcją emisji CO₂, mają być traktowane w szczególny sposób: do 2020 roku otrzymają one bezpłatne uprawnienia w wysokości benchmarku. Ma to zapobiegać tzw. carbon leakage – przenoszeniu produkcji poza granice UE, gdzie nie obowiązują porównywalne ograniczenia emisji. Instalacje, które nie są uznane za narażone na ryzyko carbon leakage po roku 2013 r. otrzymają bezpłatnie uprawnienia w ilości 80% benchmarku, a w 2020 r. procent ten zmniejszy się do 30%. Limity bezpłatnych uprawnień będą różne dla poszczególnych sektorów, jednak większość instalacji otrzyma bezpłatne uprawnienia pokrywające średnio do 70-80% ich emisji w latach 2005-2008. W przypadku gdy danej instalacji zabraknie uprawnień, może zakupić dodatkowe, wykorzystać te zachowane z bieżącego okresu rozliczeniowego, wykorzystać międzynarodowe jednostki redukcji emisji lub zredukować własne emisje.

Decyzję Komisji Europejskiej próbowali zablokować w Parlamencie Europejskim polscy europosłowie, jednak podczas głosowania w Komisji Środowiska nie udało im się uzyskać wymaganej większości. Już następnego dnia po przyjęciu decyzji przez Komisję Europejską wiceminister gospodarki Marcin Korolec zapowiedział, że Polska jest gotowa zaskarżyć ją do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Jak podaje PAP, przyczyną złożenia skargi ma być fakt, że w swojej decyzji Komisja Europejska nie zachowała zasady proporcjonalności. Benchmarki, na podstawie których obliczana ma być ilość darmowych uprawnień do emisji, opierają się na danych z instalacji stosujących najnowocześniejsze technologie dostępne w całej UE, a nie w poszczególnych krajach. Zdaniem wiceministra sprowadza się to do technologii z użyciem paliwa gazowego, podczas gdy w Polsce powszechnie stosowanym paliwem jest węgiel. Może to oznaczać znaczny wzrost kosztów w najbardziej energochłonnych gałęziach przemysłu. „Przyjęcie jednego benchmarku jest rozwiązaniem możliwym, ale zbyt kosztownym dla przemysłu”, powiedział Korolec. „Dla osiągnięcia celu redukcji emisji CO₂ możliwe są inne, mniej kosztowne rozwiązania”.

Zdaniem Connie Hedegaard, komisarz UE ds. działań klimatycznych, benchmarki ukazują możliwości w zakresie produkcji o niskich emisjach CO₂ w poszczególnych sektorach przemysłu oraz gwarantują korzyści przedsiębiorstwom, które są najbardziej efektywne, jeśli chodzi o redukcję emisji CO₂ „Decyzja KE stanowi kamień milowy w reformie europejskiego rynku emisji CO₂”, oceniła unijna komisarz.