Obszary ekologicznej sieci Natura 2000 należą do systemu ochrony przyrody, wdrożonego we wszystkich państwach członkowskich Unii Europejskiej na podstawie dyrektyw: habitatowej (92/43/EWG) i ptasiej (2009/147/WE). W związku z intensywnym rozwojem energetyki wiatrowej w państwach unijnych w październiku 2010 roku Komisja Europejska opublikowała na swoich stronach www wytyczne dotyczące oceny wpływu inwestycji wiatrowych na cele ochrony obszarów sieci, pt. "Wind energy development and Natura 2000" (EU Guidance on wind energy development in accordance with the EU nature legislation). Najważniejszy wniosek z dokumentu mówi, że wpływ energetyki wiatrowej na chronionych obszarach, jako technologii pozyskania zielonej energii, nie jest negatywny, zaś dobrze zaplanowana inwestycja może być wręcz korzystna dla lokalnej bioróżnorodności.

Z wieloletnich badań wpływu farm wiatrowych na środowisko jednoznacznie wynika, że budowa farm wiatrowych z uwzględnieniem właściwego zaprojektowania, racjonalnego wyboru urządzeń oraz terminu robót i zapewnienia monitoringu w trakcie eksploatacji farmy, umożliwia produkcję czystej energii z korzyścią dla środowiska i społeczeństwa także na obszarach Natura 2000. Wśród rodzajów działalności człowieka, wiatraki oznaczają się relatywnie niewielkim wpływem na organizmy żywe.

Polskę, poza przytoczonymi dyrektywami, obowiązuje także dyrektywa 2009/28/WE (w sprawie promowania energii ze źródeł odnawialnych), a także krajowe przepisy ochrony środowiska i przyrody, które odgórnie nie wykluczają lokalizacji inwestycji wiatrowych na większości obszarów chronionych. Odgórne, kategoryczne zakazy budowy elektrowni wiatrowych na terenach Natura 2000 nie mają więc podstaw prawnych ani przyrodniczego uzasadnienia, zaś każda planowana inwestycja powinna podlegać indywidualnej ocenie oddziaływania na środowisko (w tym na cele ochrony obszarów Natura 2000), w zgodzie z obowiązującymi przepisami.