Zaplanowane w Programie działania zostały podzielone na pięć etapów:
 

etap I - do 30.06.2011:
opracowanie i przyjęcie przez Radę Ministrów Programu polskiej energetyki jądrowej, uchwalenie i wejście w życie przepisów prawnych niezbędnych dla rozwoju i funkcjonowania energetyki jądrowej,

etap II - 1.07.2011 - 31.12.2013:
ustalenie lokalizacji i zawarcie kontraktu na budowę pierwszej elektrowni jądrowej,

etap III - 1.01.2014 - 31.12.2015:
wykonanie projektu technicznego i uzyskanie wymaganych prawem uzgodnień,

etap IV - 1.01.2016 - 31.12.2020:
pozwolenie na budowę i budowa pierwszego bloku pierwszej elektrowni jądrowej, rozpoczęcie budowy kolejnych,

etap V - 1.01.2021 - 31.12.2030:
budowa kolejnych bloków elektrowni jądrowych.

Zasadnicza zmiana dotyczy etapu IV – termin jego realizacji, czyli zakończenie budowy pierwszego bloku, przesunięto z 2022 na 2020 r. Do Programu wprowadzono także zaproponowany przez inwestora harmonogram budowy pierwszej elektrowni jądrowej (załącznik nr 1). Przewiduje on, że w 2020 r. nastąpi rozruch i próbna eksploatacja pierwszego bloku jądrowego w Polsce, po czym zostanie wydane zezwolenie na jego stałą eksploatację.

W myśl zgłaszanych uwag, w zakresie działań administracji rządowej wyodrębniono kwestie dozoru jądrowego. W docelowym modelu polskiej energetyki jądrowej obowiązki te będzie wypełniać niezależna Komisja Dozoru Jądrowego (KDJ). Jej głównym zadaniem będzie zapewnienie systemu nadzoru nad bezpieczeństwem jądrowym i ochroną radiologiczną, ochroną fizyczną obiektów jądrowych oraz zapobieganie niepowołanemu rozprzestrzenianiu materiałów jądrowych.

W trakcie konsultacji uszczegółowiono również szacunki kosztów realizacji Programu. Z nowych wyliczeń wynika, że w latach 2010-2020 powinno na ten cel być przeznaczone 859,7 mln zł. Zapisy Programu zostały ponadto dostosowane do wymogów ustawy z dnia 6 grudnia 2006 r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009 r. Nr 84, poz. 712, ze zm.).

Program Polskiej Energetyki Jądrowej zostanie w II poł. listopada br. skierowany pod obrady Komitetu Stałego Rady Ministrów, a następnie Rady Ministrów.