Ze względu na źródło pochodzenia surowca biopaliwa można podzielić na trzy grupy. Pierwsza to tzw. biopaliwa I generacji – otrzymywane z jadalnych surowców rolniczych oraz biogazu z procesu fermentacji. Biopaliwa II generacji pochodzą z przetwarzania biomasy niejadalnej, przede wszystkim celulozy i lignocelulozy w procesach biochemicznych lub termochemicznych. Ostatnia grupa to biopaliwa kolejnych generacji (III, IV), wykorzystujące surowce pochodzące z roślin o wysokiej wydajności oraz organizmów genetycznie modyfikowanych w procesach biotechnologicznych. Każda kolejna generacja oznacza większe ograniczenia emisji dwutlenku węgla w stosunku do poprzedniej. Wkład biopaliw wytworzonych z odpadów, pozostałości, niespożywczego materiału celulozowego i lignocelulozowego uznaje się za dwukrotnie większy od wkładu innych biopaliw. Należy jednak podkreślić, że technologie otrzymywania biopaliw generacji II, III i IV są wciąż na etapie pilotażowym.

Zgodnie z dyrektywą 2009/28/WE udział energii ze źródeł odnawialnych we wszystkich rodzajach transportu w 2020 r. w każdym z państw członkowskich będzie musiał wynosić co najmniej 10% końcowego zużycia energii. Narodowym Celem Wskaźnikowym Polski na rok 2010 (dyrektywa 2003/30/WE) jest osiągnięcie poziomu 5,75% udziału biokomponentów i innych paliw odnawialnych w transporcie. Cel ten został już zrealizowany, między innymi dzięki produkcji estrów biopaliw I generacji.

Artur Milanowski z Instytutu Paliw i Energii Odnawialnej zaznaczył, iż „nowa dyrektywa 2009/28/WE zwraca uwagę, że bardzo ważne jest wypracowanie i spełnienie skutecznych kryteriów zrównoważonego rozwoju w odniesieniu do biopaliw i zapewnienie dostępności w handlu biopaliw II generacji. Nowa sytuacja jest niekorzystna dla Polski, a obligatoryjne Wykonanie Narodowego Celu Wskaźnikowego w 2020 r. przy unieruchomieniu zdolności produkcyjnych do biopaliw I generacji może być trudne”.

Wśród zalet biopaliw kolejnych generacji należy wymienić znacznie wyższą redukcję emisji dwutlenku węgla, wyższą efektywność energetyczną, różnorodność źródeł surowców, co wiąże się z brakiem bezpośredniej konkurencji z produkcją żywności, a także zagospodarowanie odpadów oraz potencjalne zmniejszenie obszaru wykorzystywanego pod uprawy biomasy. Niestety wadą jest wciąż wyższa cena w porównaniu do paliw kopalnych, stan rozwoju i dostępność technologii oraz konkurencyjność surowcowa z innymi sektorami gospodarki objętymi obowiązkiem produkcji energii ze źródeł odnawialnych. Kluczowym wyzwaniem jest dostosowanie pojazdów, nie tylko nowopowstających, ale również istniejących do spalania nowych rodzajów biopaliw.

W Polsce odpowiedzialność za realizację Narodowych Celów Wskaźnikowych spoczywa na producentach paliw. Ich sprawne urzeczywistnienie wynika głównie z obaw przed wysokimi karami nakładanymi na przedsiębiorstwa w przypadku ich niezrealizowania. Dla producentów bardziej opłacalne jest wprowadzenie biopaliw, które są przez nich sprzedawane niejednokrotnie poniżej ceny zakupu niż uiszczenie kary za niezrealizowanie Narodowych Celów Wskaźnikowych. Ze sprzeciwem spotyka się też zapowiedź redukcji ulg w podatku akcyzowym do biopaliw ciekłych.  Producenci oczekują od państwa obniżenia kar i wprowadzenia odpowiednich instrumentów wsparcia finansowego produkcji biopaliw, szczególnie kolejnych generacji.