Warto zacząć od tego, że gnojowica czy obornik nie tylko cuchną, ale są też pełne mikroorganizmów chorobotwórczych, które mogą zagrażać także człowiekowi. Tymczasem biogazownia rolnicza to instalacja, dla której gnojowica, obornik i odchody zwierzęce są surowcem produkcyjnym. Gdy trafią one do biogazowni, są przetwarzane w niej w szczelnie zamkniętych komorach (dzięki czemu ich odór nie wydostaje się na zewnątrz), przy użyciu tzw. fermentacji beztlenowej. Podczas niej surowiec jest podgrzewany, dzięki czemu ginie większość zawartych w nim drobnoustrojów chorobotwórczych. Za sprawą takiej fermentacji gnojowicę, obornik czy odchody zwierzęce przerabia się na biogaz i tzw. poferment (to płyn lub masa, w zależności od użytego surowca). Nazwa tego pierwszego wzięła się z tego, że powstaje on w wyniku procesów biologicznych, naturalnych, zbliżonych do tego, co zachodzi w przewodzie pokarmowym krowy. Dlatego biogazownie nazywa się czasem „betonowymi krowami".

Jeśli biogazownia rolnicza jest właściwie zaprojektowana i eksploatowana, to poferment – przechowywany w specjalnych zbiornikach lub lagunach - powinien mieć zapach ziemi, humusu. W każdym razie nie śmierdzi. Wykorzystuje się go jako nawóz. Jest dużo lepszym nawozem niż gnojowica czy obornik. Nie tylko dlatego, że nie cuchnie, ale również z tego powodu, że nie ma w nim nasion chwastów i zawiera on zwiększoną ilość dobrze przyswajalnego dla roślin azotu amonowego.

Polskim przykładem gospodarstw rolnych, które dzięki budowie biogazowni rolniczych, stały się bez porównania mniej uciążliwe dla otoczenia (bo już nie wywożą na pola gnojowicy czy obornika), jest gospodarstwo Henryka Pojdy ze Studzionki koło Pszczyny czy wielkie fermy świń duńskiej spółki Poldanor, usytuowane na Pomorzu.

W tym miejscu trzeba dodać, że w wielu biogazowniach rolniczych biogaz spala się na miejscu, produkując w ten sposób energię elektryczną i cieplną (tę drugą można wykorzystać np. do ogrzewania domów). Jednak przed spaleniem biogaz oczyszcza się ze szkodliwych domieszek (w szczególności z siarkowodoru), bo mogą one powodować korozję i uszkodzenia niektórych części biogazowej instalacji. Dzięki temu spaliny z biogazowni nie są uciążliwe dla otoczenia, nie różnią się od spalin ze zwykłego pieca gazowego, spalającego gaz ziemny. Są dużo czystsze niż dym z pieców i kotłowni opalanych węglem. To o tyle ważne, że biogazownie dzięki produkcji ciepła mogą też poprawić czystość powietrza w wielu miejscowościach, zastępując w nich przynajmniej część pieców węglowych. Oto przykład: biogazownia rolnicza w Nacławiu (Zachodniopomorskie) ma zaopatrywać w ciepło sześć tamtejszych bloków mieszkalnych, świetlicę i szkołę.

Oczywiście, nie można powiedzieć, że biogazownie rolnicze w ogóle nie są uciążliwe dla otoczenia. Ich uciążliwość polega głównie na tym, że w bezpośrednim sąsiedztwie instalacji biogazowej może jednak nieprzyjemnie pachnieć, ale nie bardziej niż wokół zwykłego gospodarstwa rolnego. Wynika to choćby z tego, że trzeba do niej dostarczyć surowiec (czasem dowozi się go, przynajmniej w części, co oznacza również zwiększony ruch ciężarówek czy ciągników do gospodarstwa z biogazownią). W wielu biogazowniach ten problem eliminuje się bądź minimalizuje, dostarczając do nich surowiec, np. gnojowicę, rurociągami, połączonymi bezpośrednio z oborą czy chlewnią.

Jacek Krzemiński