Zaproponowano przepis, na podstawie którego gminy będą mogły przejąć na własność dworce kolejowe wraz z należącymi do nich gruntami. Umożliwi to gminom przeprowadzenie odnowy bądź remontu dworców. Jedynym warunkiem przejęcia jest zachowanie w budynku dworca funkcji związanych z obsługą podróżnych. Takie rozwiązanie nie oznacza przeniesienia własności linii kolejowych. Minister infrastruktury, wydając zgodę na przekazanie przez PKP SA nieruchomości, będzie każdorazowo analizował, czy w jej skład nie wchodzą grunty zajęte pod liniami kolejowymi. W celu sprawnego funkcjonowania przejść granicznych, z przepisów nowelizacji ustawy wyłączono przejmowanie przez gminy dworców kolejowych znajdujących się w pobliżu kolejowych przejść granicznych.

Zgodnie z nowymi przepisami, przekazanie przez PKP SA dworców oznacza wygaśnięcie zobowiązań PKP SA z tytułu podatku od nieruchomości.

Uregulowano ponadto sprawę zobowiązań PKP SA związanych z podatkiem dochodowym od osób prawnych. Przyjęto, że zobowiązania te za lata 2011-2015 będą podlegały zapłacie w formie przeniesienia własności akcji Państwowych Linii Kolejowych SA na rzecz Skarbu Państwa. Wynika to z faktu, że PKP SA została zobowiązana do wnoszenia wkładów niepieniężnych do spółek zależnych. Wniesienie tych aportów spowoduje wysoki przychód, co przy niskich kosztach jego uzyskania może doprowadzić do powstania wysokiego podatku dochodowego.

Ponadto, z chwilą wniesienia aportu do PLK SA nastąpi rozwiązanie umowy dzierżawy zawartej pomiędzy PKP SA i PLK SA na użytkowanie linii kolejowych. Czynsz z tytułu rozwiązania powyższej umowy, stanie się wymagalny i opodatkowany podatkiem VAT, który może wynieść 242 mln zł.

W związku z tym, wprowadzono możliwość zapłaty zobowiązań podatkowych tytułu VAT, poprzez przeniesienie własności akcji PLK SA na rzecz Skarbu Państwa.

Regulowanie przez PKP SA zobowiązań podatkowych poprzez ich zapłatę akcjami PLK SA oznacza, że zwiększy się znacznie udział Skarbu Państwa w kapitale zakładowym PLK SA.

Zgodnie z projektem nowelizacji ustawy, egzekucji nie podlegają m.in.: środki finansowe przeznaczone na spłatę zobowiązań objętych poręczeniami lub gwarancjami Skarbu państwa (wraz z odsetkami), a także pieniądze gromadzone przez PKP SA na specjalnych rachunkach bankowych z przeznaczeniem na spłatę kredytów, pożyczek i wykup obligacji wraz z odsetkami.